Публикации

1. 1. Study of the Genetic Mechanisms of Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Adaptation to the Climatic and Pest Outbreak Stresses Using Dendrogenomic Approach : научное издание [статья из журнала]
   Novikova Serafima V., Oreshkova Natalia V., Sharov Vadim V., Kuzmin Dmitry A., Demidko Denis A., Bisirova Elvina M., Zhirnova Dina F., Belokopytova Liliana V., Babushkina Elena A., Krutovsky Konstantin V.
   2024, International Journal of Molecular Sciences
2. 2. Dendrogenomics is a new interdisciplinary approach to study genetic mechanisms of adaptation and individual tree response to biotic and abiotic stresses: Siberian larch and Siberian stone pine cases : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
   Krutovsky K. V., Novikova S. V., Sharov V. V., Oreshkova N. V., Zhirnova D. F., Belokopytova L. V.
   2024
3. 3. Population genetic variation of microsatellite markers developed for Siberian fir (Abies sibirica Ledeb.) and European silver fir (Abies alba Mill.) using whole genome sequencing data : научное издание [статья из журнала]
   Oreshkova Natalia V., Bondar Eugenia I., Sharov Vadim V., Dhungana Sudha P., Gailing Oliver, Krutovsky Konstantin V.
   2023, Plant Genetic Resources: Characterisation and Utilisation
4. 4. Genetic Structure and Geographical Differentiation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Populations Based on Genome Genotyping by Sequencing : научное издание [статья из журнала]
   Novikova S. V., Oreshkova N. V., Sharov V. V., Semerikov V. L., Krutovsky K. V.
   2023, Contemporary Problems of Ecology
5. 5. Study of the Genetic Adaptation Mechanisms of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Regarding Climatic Stresses Based on Dendrogenomic Analysis : научное издание [статья из журнала]
   Novikova Serafima V., Oreshkova Natalia V., Sharov Vadim V., Zhirnova Dina F., Belokopytova Liliana V., Babushkina Elena A., Krutovsky K. V.
   2023, Forests
6. 6. Генетическая структура и географическая дифференциация популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе генотипирования генома путем секвенирования : научное издание [статья из журнала]
   Новикова Серафима Валерьевна, Орешкова Наталья Викторовна, Шаров Вадим Витальевич, Семериков Владимир Леонидович, Крутовский Константин Валерьевич
   2023, Сибирский экологический журнал
7. 7. Genetic Adaptation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) to High Altitudes : научное издание [статья из журнала]
   Novikova Serafima V., Sharov Vadim V., Oreshkova Natalia V., Simonov Evgeniy P., Krutovsky Konstantin V.
   2023, International Journal of Molecular Sciences
8. 8. Генетическая адаптация популяций лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) к гетерогенной среде : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
   Новикова С. В., Орешкова Н. В., Шаров В. В., Семериков В. Л., Крутовский К. В.
   2023, Устойчивость растений и микроорганизмов к неблагоприятным факторам среды
9. 9. Изучение генетической адаптации в популяциях лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) с использованием данных полногеномного генотипирования : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
   Новикова С. В., Шаров В. В., Орешкова Н. В., Симонов Е. П., Крутовский К. В.
   2022, Генетические процессы в популяциях
10. 10. Annotation of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Nuclear Genome—One of the Most Cold-Resistant Tree Species in the Only Deciduous GENUS in Pinaceae [статья из журнала]
    Bondar E. I., Feranchuk S. I., Miroshnikova K. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Oreshkova N. V., Krutovsky K. V.
    2022, Plants
11. 11. ANNOTATION OF SIBERIAN LARCH REFERENCE GENOME, THE ONLY SEASONAL SENESCENCE GENUS IN PINACEAE : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar E. I., Feranchuk S. I., Miroshnikova K. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Oreshkova N. V., Krutovsky K. V.
    2022, Высокопроизводительное секвенирование в геномике (HSG-2022)
12. 12. De Novo Transcriptome Assembly and Annotation of a New Plant Pathogenic Corinectria sp. Strain in Siberia : научное издание [статья из журнала]
    Biriukov V. V., Pavlov I. N., Litovka Yu. A., Oreshkova N. V., Sharov V. V., Simonov E. P., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2022, Микология и фитопатология
13. 13. Comparative genomics analysis of repetitive elements in ten gymnosperm species: “dark repeatome” and its abundance in conifer and gnetum species [статья из журнала]
    Titievsky Avi, Putintseva Yuliya A., Taranenko Elizaveta A., Baskin Sofya, Oreshkova Natalia V., Brodsky Elia, Sharova Alexandra V., Sharov Vadim V., Panov Julia, Kuzmin Dmitry A., Brodsky Leonid, Krutovsky Konstantin V.
    2021, Life
14. 14. Annotation of Siberian larch genome draft assembly : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar E. I., Feranchuk S. I., Birukhov V. V., Kuzmin D. A., Sharov V. V., Oreshkova N. V., Krutovsky K. V.
    2021, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology
15. 15. Repetitive elements in the genome of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Miroshnikova K. A., Biriukov V. V., Kuzmin D. A., Sadovsky M. G., Bondar E. I., Putintseva Y. A., Krutovsky Konstantin V., Akulova V. S., Sharov V. V., Oreshkova N. V.
    2020, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020)
16. 16. Genome-wide prediction of transcription start site in four conifer species : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar Eugeniia I., Sharov Vadim V., Kuzmin Dmitry A., Tatarinova Tatiana V., Krutovsky Konstantin V.
    2020, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020)
17. 17. Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.) mitochondrial genome assembled using both short and long nucleotide sequence reads is currently the largest known mitogenome : научное издание [статья из журнала]
    Putintseva Yuliya A., Bondar Eugeniya I., Simonov Evgeniy P., Sharov Vadim V., Oreshkova Natalya V., Kuzmin Dmitry A., Konstantinov Yuri M., Shmakov Vladimir N., Belkov Vadim I., Sadovsky Michael G., Keech Olivier, Krutovsky Konstantin V.
    2020, BMC GENOMICS
18. 18. De novo sequencing, assembly and functional annotation of Armillaria borealis genome [статья из журнала]
    Akulova Vasilina S., Sharov Vadim V., Aksyonova Anastasiya I., Putintseva Yuliya A., Oreshkova Natalya V., Feranchuk Sergey I., Kuzmin Dmitry A., Pavlov Igor N., Litovka Yulia A., Krutovsky Konstantin V.
    2020, BMC genomics
19. 19. De novo transcriptome assembly of cold stressed clones of the hexaploid Sequoia sempervirens (D. Don) Endl.
    Breidenbach Natalie, Sharov Vadim V., Gailing Oliver, Krutovsky Konstantin V.
    2020, Scientific Data
20. 20. Assembling of the Siberian larch mitochondrial genome using long nucleotide sequence reads, the largest currently known mitogenome : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Y. A., Bondar E. I., Sharov V. V., Simonov E. P., Oreshkova N. V., Kuzmin D. A., Sadovsky M. G., Krutovsky K. V.
    2019, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
21. 21. Моделирование работы NGS секвенатора для сравнения ассемблеров [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кобец В. А., Ходос Г. А., Шаров В. В., Кузьмин Д. А. (научный руководитель), Садовский М. Г. (научный руководитель)
    2019, МНСК-2019: БИОЛОГИЯ
22. 22. Постгеномные технологии в практическом лесном хозяйстве: разработка полногеномных маркеров для идентификации происхождения древесины и других задач [статья из журнала]
    Крутовский Константин Валериевич, Путинцева Юлия Андреевна, Орешкова Наталья Викторовна, Бондар Евгения Ивановна, Шаров Вадим Витальевич, Кузмин Дмитрий Александрович
    2019, Лесотехнический журнал
23. 23. Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-, and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novo Whole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) [статья из журнала]
    Oreshkova N. V., Bondar E. I., Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2019, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
24. 24. Reads in NGS Are Distributed over a Sequence Very Inhomogeneously [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Sadovsky M., Kobets V., Khodos G., Kuzmin D., Sharov V.
    2019, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
25. 25. Mobile genetic elements explain size variation in the mitochondrial genomes of four closely-related Armillaria species [статья из журнала]
    Kolesnikova Anna, Putintseva Yuliya A., Simonov Evgeniy P., Biriukov Vladislav V., Oreshkova Natalya, Pavlov Igor N., Sharov Vadim V., Kuzmin Dmitry A., Anderson James B., Krutovsky Konstantin
    2019, BMC Genomics
26. 26. Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти- и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) : научное издание [статья из журнала]
    Орешкова Н. В., Бондар Е. И., Путинцева Ю. А., Шаров В. В., Кузьмин Д. А., Крутовский К. В.
    2019, Генетика
27. 27. Stepwise large genome assembly approach: a case of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb) : материалы временных коллективов [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Kuzmin Dmitry A., Feranchuk Sergey I., Sharov Vadim V., Cybin Alexander N., Makolov Stepan V., Putintseva Yuliya A., Oreshkova Natalya V., Krutovsky Konstantin V.
    2019, BMC BIOINFORMATICS
28. 28. Программа фильтрации избыточных последовательностей геномов в формате FASTA : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2018
29. 29. Программный комплекс мониторинга изменений в файловой системе под управлением операционной системы Linux : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2018
30. 30. Программный комплекс для объединения результатов поиска SNP в геномах : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2018
31. 31. De novo sequencing, assembly and annotation of Armillaria borealis genome [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018, Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018)
32. 32. Sequencing and assembly of mitochondrial genomes in three conifer species Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Bondar E., Kirichenko A., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Konstantinov Yu., Shmakov V., Belkov V., Kuzmin D., Sadovsky S., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
33. 33. Genomes of three conifer species: Larix sibirica, Pinus sibirica and Pinus sylvestris [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Yu., Sharov V., Kuzmin D., Oreshkova N., Feranchuk S., Biryukov V., Novikova S., Miroshnikova K., Makolov S., Sadovsky M., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
34. 34. Evolution of mitochondrial genomes in three closely-related Armillaria species [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Kolesnikova A., Putintseva Yu., Jain S., Oreshkova N., Pavlov I., Sharov V., Kuzmin D., Makolov S., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
35. 35. Genome de novo sequencing, assembly and functional annotation of pathogenic fungi Armillaria borealis [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Akulova V., Sharov V., Putintseva Yu., Oreshkova N., Feranchuk S., Kuzmin D., Pavlov I., Krutovsky K.
    2018, Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018)
36. 36. О ЗАДАЧЕ ИМИТАЦИОННОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ РАБОТЫ СЕКВЕНАТОРА NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Шаров В. В., Кобец В. А., Кузьмин Д. А., Ходос Г. А., Садовский М. Г.
    2018, Нейроинформатика, её приложения и анализ данных
37. 37. Сборка митохондриального генома сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Кириченко А. Д., Бондар Е. И., Шаров В. В., Путинцева Ю. А. (научный руководитель), Крутовский К. В. (научный руководитель)
    2018, МНСК-2018: Биология
38. 38. Комплекс предобработки ридов NGS : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2017
39. 39. СБОРКА И АННОТИРОВАНИЕ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Шаров В. В., Путинцева Ю. А., Кузьмин Д. А., Орешкова Н. В., Феранчук С. И., Цыбин А. Н., Маколов С. В., Крутовский К. В.
    2017, Высокопроизводительное секвенирование в геномике
40. 40. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus : научное издание [статья из журнала]
    Moskalev A. A., Kudryavtseva A. V., Graphodatsky A. S., Beklemisheva V. R., Serdyukova N. A., Krutovsky K. V., Sharov V. V., Kulakovskiy I. V., Lando A. S., Kasianov A. S., Kuzmin D. A., Putintseva Y. A., Feranchuk S. I., Shaposhnikov M. V., Fraifeld V. E., Toren D., Snezhkina A. V., Sitnik V. V.
    2017, BMC Evolutionary Biology
41. 41. РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ : научное издание [статья из журнала]
    Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В., Кузьмин Д. А., Крутовский К. В.
    2017, Генетика
42. 42. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Based on the de novo Whole Genome Sequencing : научное издание [статья из журнала]
    Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2017, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
43. 43. ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ АННОТАЦИЯ ГЕНОМА ЛИСТВЕННИЦЫ КАК ПОДХОД К ПРОЯСНЕНИЮ МЕХАНИЗМОВ ФОРМИРОВАНИЯ ВАЖНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Феранчук Сергей Ильич, Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович, Орешкова Наталья Викторовна, Крутовский Константин Валерьевич
    2017, Сохранение лесных генетических ресурсов
44. 44. Программа для индексирования геномных последовательностей большого размера методом "FM-index" на графических ускорителях : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2016
45. 45. STUDY OF ARMILLARIA BOREALIS PATHOGENICITY BY THE COMPARATIVE WHOLE GENOME SEQUENCING : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Yu. A., Pavlov I. N., Oreshkova N. V., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Makolov S. V., Krutovsky K. V.
    2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
46. 46. SEQUENCING OF CONIFER GENOMES USING NGS : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Kuzmin D. A., Sharov V. V., Biryukov V. V., Makolov S. V., Krutovsky K. V.
    2016, The tenth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology
47. 47. Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (italicPinus sibirica/italic Du Tour) по результатам полногеномного italicde novo/italic секвенирования : научное издание [статья из журнала]
    Белоконь М. М., Кузьмин Д. А., Крутовский К. В., Политов Д. В., Мудрик Е. А., Полякова Т. А., Шатохина А. В., Белоконь Ю. С., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В.
    2016, Генетика
48. 48. ПАРАЛЛЕЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ ФИЛЬТРАЦИИ ПОВТОРОВ В ДАННЫХ NGS ILLUMINA : научное издание [статья из журнала]
    Цыбин Александр Николаевич, Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Феранчук Сергей Ильич, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2016, Доклады Академии наук высшей школы Российской Федерации
49. 49. Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Stone Pine (Pinus sibirica Du Tour) Based on the de novo Whole Genome Sequencing [статья из журнала]
    Belokon M. M., Politov D. V., Mudrik E. A., Polyakova T. A., Shatokhina A. V., Belokon Yu. S., Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Krutovsky K. V.
    2016, RUSSIAN JOURNAL OF GENETICS
50. 50. Секвенирование и сборка геномов лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) и сосны сибирской кедровой (Pinus sibirica Du Tour) и предварительные данные анализа транскриптома : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Кузьмин Д. А., Шаров В. В., Бирюков В. В., Дейч К. О., Ибе A. A., Шилкина E. A., Крутовский К. В.
    2015, Сохранение лесных генетических ресурсов Сибири
51. 51. Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2015
52. 52. Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию : регистрация программы для ЭВМ [патент]
    Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович
    2015
53. 53. CHALLENGES OF ASSEMBLING HUGE CONIFER GENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Putintseva Yu. A., Sharov V. V., Kuzmin D. A., Makolov S. V., Oreshkova N. V., Krutovsky K. V.
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
54. 54. THE WHOLE DE NOVO GENOME SEQUENCING AND ASSEMBLY OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND SIBERIAN PINE (PINUS SIBIRICA DU TOUR.) : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Kuzmin D. A., Sharov V. V., Biryukov V. V., Makolov S. V., Deych K. O., Ibe A. A., Shilkina E. A., Krutovsky K. V.
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology
55. 55. DE NOVO SEQUENCING OF CONIFER MEGAGENOMES : доклад, тезисы доклада [доклад, тезисы доклада, статья из сборника материалов конференций]
    Krutovsky K. V., Oreshkova N. V., Putintseva Yu. A., Kuzmin D. A., Sharov V. V., Biryukov V. V., Makolov S. V., Deych K. O., Bondar E. I., Ushakova O. A., Ibe A. A., Shilkina E. A.
    2015, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology