Постановлением Ученого совета Сибирского федерального университета от 28 июня 2007 года определен перечень создаваемых институтов СФУ.
До 31 декабря 2007 года институты, вошедшие в состав СФУ, должны быть реорганизованы в институты по основным направлениям развития Сибирского федерального университета:
- Институт космических и информационных технологий
- Институт инженерной физики и радиоэлектроники
- Институт биофизической экологии и биотехнологии
- Институт химии, металлургии и материаловедения
- Институт горного дела, геологии и геотехнологий
- Институт нефти и газа
- Институт энергетики, машиностроения и транспорта
- Институт экономики и природопользования
- Институт градостроительства и региональной экономики
- Гуманитарный институт
- Институт педагогики и психологии
- Институт фундаментальной подготовки
Институт возглавляет директор института. В состав института входят факультеты, кафедры, лаборатории и другие подразделения, необходимые для выполнения основных функций института.
При фактическом создании институтов название может быть уточнено Ученым советом университета.